A település nevében a Puszta- előtag az elnéptelenedéssel, pusztulással hozható kapcsolatba. Berki utótag a magyar berek, azaz ligeti képzős származéka.

A község neve egy 1379. évi határjárási jegyzőkönyvben fordul elő először. 1388-ban a Budai Káptalan jegyzőkönyvében is szerepel, majd vagy kétszáz évig élte a csöndes kis nógrádi falvak mindennapjait.
A török kincstári adószámadási könyvekben 1579-ben Berki puszta néven szerepel, akkor 269 lakost számlált, 42 házat tartottak számon. Ám mire vége lett a hódoltságnak, aztán Rákóczi szabadságharcának, már pusztaként említik, lakosok nélkül. Az 1715-1720. évi összeírásokban nem is szerepel. A XVIII. század végén viszont már több mint kétszázan lakták Berkit, s a reformkorra tovább növekedett a népesség.
A falu leghíresebb birtokos családja a Tersztyánszky család, Trencsényből települtek ide, s IV. Béla idejéig vezethető a származásuk. Kivették részüket az 1848-49-es szabadságharcból, Tersztyánszky Zsigmond honvéd őrnagyként szolgált, később kapitánya lett a nógrádi önkéntes zászlóaljnak, de részt vett a harcokban a település másik földesura is, Diószeghy Tádé, ő mint főhadnagy katonáskodott ugyanitt.
Szintén jelentős birtokosa volt a falunak Mikszáth Kálmán, aki megvásárolta Szontágh Pál horpácsi földjeit, melyekhez pusztaberki birtokok is tartoztak. A XIX. század első felében földesúri jogokkal rendelkezők úrilakokat építetett.

Az I. és II. világháborúba besorozott helybéliek közül sokan nem tértek vissza, 1992-ben emlékművet állított tiszteletükre a falu.

A település mezőgazdasági adottságai közepesek, a lakosság nagy része évszázadokra visszamenőleg földművelésből élt. 1960-tól a termelőszövetkezet megalakulásától azonban – főként a fiatalok – a közeli nagyobb települések ipari ágazatában helyezkedtek el.
A termelőszövetkezet megszűnésével munkalehetőség a községben szinte alig volt, ezért a fiatalok a közeli nagyobb települések és a főváros ipari ágazataiban helyezkedtek el. Ezzel együtt sokan elköltöztek a faluból.

Az 1990. évi önkormányzati választások után vált újra önállóvá a település.

(folyt.köv.)